CSC:n arkaluonteisen datan palvelut auttavat keliakiatutkimuksessa

Immunologi Helka Kaunisto Tampereen yliopiston Keliakiatutkimuskeskuksesta tutkii ihokeliakiaa. Tutkimuksessa analysoidaan potilasnäytteitä, joiden analysointiin on saatu potilailta lupa. Koska tämä on EU:n tietosuoja-asetuksen GDPR:n alaista informaatiota, dataa käsitellään CSC:n arkaluonteisen datan palveluissa SD Desktop ja SD Connect.

Keliakia on sairaus, jossa viljatuotteiden – rukiin, vehnän ja ohran – gluteeni aiheuttaa ohutsuolen limakalvolla tulehduksen ja suolinukan vaurion. Vaurion takia ravintoaineet eivät imeydy elimistöön kunnolla. Potilaiden solujen RNA-sekvensoinnin ansiosta voidaan tutkia elimistön immuunijärjestelmää, jos se toimii virheellisesti.

– Puolet työstä on RNA-sekvensointia. Emme etsi mitään tiettyä geeniä tai proteiinia sekvensoinnissa, vaan haluamme tutkia minkälaisia muutoksia gluteenin syönti saa aikaan ihokeliaakikkojen RNA-profiilissa, sanoo Kaunisto. Sekvensointi on tehty yhteistyössä Helsingin yliopiston kanssa ja koodattu data on kryptattuna tallennettu CSC Connect-palveluun ja analysoitu SD Desktopissa.

Kaunistolla ei ollut aikaisempaa kokemusta suuren kapasiteetin laskentapalvelujen tai tallennuspalvelujen käytöstä.

– Aloin käyttää sensitiivisen datan palveluita, koska tarvitsin enemmän laskentakapasiteettia, mitä yliopisto pystyi tarjoamaan. Tarvitsin tälle tehokkaalle laskennalle tietoturvallisen ympäristön. Mielestäni palvelut ovat hyvin helppoja käyttää, koska verkko-ohjeet ovat erittäin perinpohjaiset. Jos minulla on ongelma, jota en pysty itse ratkaisemaan, helpdesk on aina avulias.

Helka Kauniston mukaan tutkimuksesta on paljon hyötyä kliiniselle tieteelle.

– Keliakia tunnetaan suolistotautina, mutta siihen kuuluu paljon muita oireita, jotka eivät liity suolistoon lainkaan. Voi olla neurologisia ja ihoon liittyviä ongelmia. Onko immuniteetissa ero keliaakikkojen ja ihokeliaakikkojen välillä? Entä miten immuunivaste voi levitä suolesta iholle? Ja miksi ihottuma syntyy?

Lue lisää