Henkilökohtaista lääketiedettä edistävä EU:n huippuyksikköhanke starttaa - CSC:n osaaminen ja supertietokoneet keskeisessä roolissa

CSC – Tieteen tietotekniikan keskus ja Barcelonan superlaskentakeskus (BSC), yhdessä kymmenen muun akateemisen ja kaupallisen toimijan kanssa, aloittavat lokakuussa Euroopan komission huippuyksikköhankkeen European HPC Center of Excellence for Personalised Medicine (PerMedCoE). 

- PerMedCoE tehostaa eurooppalaisen lääketieteen kilpailukykyä ja sen tavoitteena on tulla tällä toimialueella eksaskaalan supertietokoneille sopivien ohjelmistojen keskukseksi, toteaa professori Alfonso Valencia, PerMedCoE-hankkeen koordinaattori ja BSC:n biotieteiden osaston johtaja.

Seuraavan sukupolven eksaskaalan supertietokoneet mahdollistavat askeleen kohti täsmälääketiedettä. Kolmevuotinen huippuyksikköhanke (PerMedCoE) tähtää tarkempaan diagnostiikkaan sekä yksilöllisempiin hoitoihin.Hankkeessa kehitetään henkilökohtaisen lääketieteen data-analyysimenetelmiä supertietokoneille, kuten EuroHPC-hankkeen LUMI-järjestelmälle. LUMI on kymmenen Euroopan maan isännöimä huipputehokas esi-eksaskaalan supertietokone, joka sijoitetaan CSC:n datakeskukseen Kajaaniin. LUMI tulee olemaan yksi maailman johtavista tieteellisen laskennan tutkimusinfrastruktuureista, aloittaessaan toimintansa Kajaanissa vuonna 2021.

Hankkeessa kehitetään solutason mallinnusohjelmistoja suurteholaskentaan soveltuviksi. Suurteholaskennan avulla datan analysointi nopeutuu mahdollistaen biologisen datan, kuten genomiikan ja proteomiikan, tuomisen osaksi sairauksien diagnosointia. Nykyisellään laskentaklustreissa tapahtuva kattava genomianalyysi voi kestää viikkoja tai jopa kuukausia. Superlaskennan ja oikeiden ohjelmistojen myötä esimerkiksi sairauksien diagnosointi onnistuisi jatkossa tuntien tai päivien sisällä. 

- CSC:n roolina on tässä hankkeessa toimia yhtenä johtavana kansainvälisenä kumppanina. Tavoitteena on ELIXIR Suomen ja tutkijoiden kanssa kehittää täsmälääketieteessä käytettäviä algoritmeja suurteholaskentaan sopiviksi ja lisätä entisestään CSC:n laskenta-alustojen tietoturvaa. Tällöin pystymme merkittävästi lyhentämään täsmälääketieteen analyysin vaatimaa laskenta-aikaa, kertoo hankkeen projektipäälliköksi CSC:llä valittu Sampo Sillanpää.

- Mahdollisuus suurteholaskentaan tekisi mahdolliseksi yksilötason data-analyysit. Kun tämä teknologia on kypsä tuotavaksi terveydenhuoltoon, voidaan solu- ja genomitason dataa käsitellä sairauksien tunnistamisessa ja oikeiden hoitojen löytämisessä, sanoo Suomen ELIXIR-keskuksen johtaja Tommi Nyrönen.

PC Center of Excellence in Personalised Medicine - PerMedCoE

PerMedCoE lehdistötiedote